أصدر الفريق أول مهندس عبد الرحيم محمد حسين وزير الدفاع قراراً بالرقم (490) لعام 2009م قضى بالغاء تسمية الأكاديمية العسكرية العليا ليتم إستبدالها باسم (أكاديمية نميري العسكرية العليا ) موجهاً جهات الاختصاص باتخاذ كافة مايلزم من تدابير تختص بإنفاذ القرار .وأكد العميد د.عثمان محمد الأغبش الناطق الرسمي بأسم القوات المسلحة في تصريح خاص لـ(اس ام سي) ان قرار وزير الدفاع باعادة تسمية الأكاديمية العسكرية العليا الي أكاديمية نميري العسكرية العليا يجئ تقديراً للمرحوم المشير جعفر نميري في إنشائه للأكاديمية وتكريماً لشخصه ومجاهدات ومقابلة للعطاء بالوفاء مؤكداً ان التكريم يعد شيمة أساسية في العسكريين وهو ديدنهم على كافة الحقب والأزمنة . وبحسب صحيفة الوطن أشار الي ان قرار إعادة تسمية الاكاديمية جاء بعد موافقة القائد العام المشير عمر حسن أحمد البشير رئيس الجمهورية والاحتكام الي المادتين (2-9) من أمر تأسيس أكاديمية نميري العسكرية العليا للعام 1984م والمادة (193-1-س) من قانون القوات المسلحة للعام 2007م .